ワノ国編

ビッグ・マムの猛追から逃れ、ワノ国を目指すルフィ達。
ただならぬ海流と悪天候のなか、なんとか入国を果たすも、仲間とはぐれ一人「九里ヶ浜」に流れ着いたルフィは何者かに襲われていたワノ国の少女・お玉と出会う。
助けてもらった恩返しがしたい、とお玉の家に招かれたルフィは、そこで〝四皇〟カイドウ率いる百獣海賊団の支配により、ワノ国の人々が飢えに苦しんでいる惨状を知る。

その後、さらわれたお玉を救う為、偶然再会したゾロと共に百獣海賊団〝真打ち〟ホールデムのもとに乗り込むルフィ達。百獣海賊団の暴挙を目の当たりにしたルフィは、怒りの一撃でホールデムを撃破。救出したお玉へ「お前が毎日腹いっぱいメシ食える国にしてやる!!!」と約束するのだった。

ワノ国に潜伏していたローと合流して「おでん城跡」へ向かい、錦えもんやモモの助、ナミ達と再会したルフィ。そこで錦えもんから、実は自分達は「20年前のワノ国より時を超えてやってきた」という、驚きの事実を告げられる。

錦えもんの口から語られたのは、主君・光月おでんの豪快な生き様と、その壮絶な最期。そして20年前にカイドウ、黒炭オロチによっておでんが処刑された後、錦えもんはモモの助達と共に、おでんの妻・トキの能力によって20年後となる現在の世界へと飛ばされたというのだ。カイドウを倒し、おでんの遺志を受け継いでワノ国を〝開国〟させる為に…。

打倒カイドウの為、鬼ヶ島への討入りを2週間後の〝火祭りの夜〟と決めた錦えもん。戦力は麦わらの一味、ハートの海賊団、ミンク族、そして反乱の意志を持つ侍達。ルフィ達は各々、討入りに向けて動き出す。

そしてついに訪れた、決行の時――。
しかし、約束の港へと集まったのは錦えもんら、赤鞘の侍達のみ。実は現在のワノ国将軍・黒炭オロチのスパイであったカン十郎の裏切りによって作戦はバレてしまっていた。鬼ヶ島到達前に窮地に陥る錦えもん達…だが、ルフィ、ロー、キッドら海賊達によって危機を打破。道中、遅れてやってきたジンベエを正式に仲間に加えた〝麦わらの一味〟を筆頭に、約5千400の軍勢が鬼ヶ島に上陸した。

一方 鬼ヶ島の城内では、カイドウが〝ひとつなぎの大秘宝(ワンピース)〟を獲りに行くべく、麦わらの一味を追ってワノ国に上陸したビッグ・マムと「海賊同盟」を結成。手始めにモモの助を処刑してワノ国を滅ぼし、実子ヤマトを新将軍にすえた海賊の帝国「新鬼ヶ島」を作る計画を実行に移そうとしていた。
しかし、カイドウを嫌い光月おでんに憧れるヤマトはルフィ達と共に戦うことを決意。さらに、錦えもん達がカイドウへの奇襲に成功、ルフィが〝全面戦争〟を高らかに宣言。かくして戦いの火ぶたが切って落とされた。

亡き主君・おでんから受け継いだ技で善戦するも、四皇・カイドウの前に倒れる錦えもん達。しかし、その無念の想いはルフィが受け取った。ゾロ達は百獣海賊団幹部を、そしてローとキッドはビッグ・マムを撃破するなか、単身カイドウに挑むルフィ。四皇の圧倒的な力に一度は敗れかけるが、悪魔の実の新たな力が発現。〝ギア5〟と冠されたその〝自由〟な能力を駆使して、辛くもカイドウに勝利した。

ようやく平穏を取り戻したワノ国。モモの助は父・おでんの背中を追うことを決意し、新将軍となった。一方ルフィは、今回の件で懸賞金が30億ベリーに上がり、ついに四皇の一人に名を連ねることになった。
カイドウ＆ビッグ・マムの敗北、そして新たな「皇帝」の誕生に世界が揺らぐなか、〝麦わらの一味〟は侍達に別れを告げ、次の島を目指す。