エッグヘッド編

新たな冒険へと出航した麦わらの一味は、遭難して助けを求める〝最悪の世代〟の一人、ジュエリー・ボニーと出会う。
無事、ボニーを救い出したかに見えたが、突如現れた巨大なサメ型のロボットに襲われ、麦わらの一味は海でバラバラになってしまう。

なんとか〝とある島〟に上陸を果たしたルフィ、チョッパー、ジンベエ、ボニー。
一方、ウソップ達は海中で溺れていたところを、巨大ロボットに救出される。そのロボットの中から出てきたのは、ベガパンクの一人「悪(リリス)」だった。

「悪(リリス)」は研究費を補充する為に金品をよこせと脅迫。しかし、ゾロ、ロビンの底知れない力から、このまま戦っても敗北すると察し、ルフィ達が辿り着いていた〝とある島〟への上陸を許すのだった。

麦わらの一味が上陸したのは、未来島「エッグヘッド」。〝500年後の未来〟と言われる、天才科学者「Dr.ベガパンク」の研究所がある島だった。食べ物を次々と出す無人調理機に、似合う服を着させてくれる更衣室…など未知の技術の数々に、心躍るルフィ達。

しかし、楽しむルフィ達の前にバーソロミュー・くまの姿をしたパシフィスタが襲い掛かってくる。ルフィが反撃しようとするが、それを止めるボニー。なんと、くまはボニーの父だというのだ！ しかも今は自我を失い〝生物兵器〟となってしまった父くまを改造したのは、ベガパンクだという……。

ボニーは父を取り戻すため、ベガパンクを追っていたのだった。

エッグヘッドを探索する中で麦わらの一味は、自らをベガパンクだと名乗る「正(シャカ)」、「悪(リリス)」、「想(エジソン)」、「知(ピタゴラス)」、「暴(アトラス)」、「欲(ヨ―ク)」に、次々と遭遇する。彼らはベガパンクの人格を６分割した分身だった。

エッグヘッドの科学力に驚く一行に、ベガパンクは、「同じく高い文明を持つ国が900年前に実在していたこと」、「失われた空白の100年についての仮説」を語る。それはオハラ壊滅のきっかけにもなった、禁じられた歴史だった。歴史を解き明かそうとするベガパンクを危険視した世界政府は、最強の諜報機関CP0に抹殺を指令。危機を察知したベガパンクは、エッグヘッドから連れ出してほしいとルフィに助けを求める。

しかし、すんなり脱出できるはずもなく──。

ベガパンクによって王下七武海を模して開発された「S-シャーク」、「S-スネーク」、「S-ホーク」、「S-ベア」といった〝最強の人類〟セラフィム達の指揮権争奪戦や、明かされるくまの悲惨な過去、ベガパンク本体の失踪、ルフィ達にとって浅からぬ因縁のあるルッチ、カクとのまさかの共闘。そして、海軍の軍艦や大将黄猿、さらには五老星が襲来！ エッグヘッドと麦わらの一味はさらなる混沌の渦に飲まれていく。

ルフィ達は無事、ベガパンクと共にエッグヘッドを脱出できるのか？
そして、ボニーは父を取り戻すことができるのか？