エッグヘッド編

新たな冒険に繰り出した麦わらの一味は、航海の途中〝最悪の世代〟の一人、ジュエリー・ボニーと出会う。彼女は〝人間兵器〟バーソロミュー・くまの娘であり、その改造を施した天才科学者 Dr.ベガパンクを追っていた。

ルフィ達はボニーと共に、ベガパンクの研究所がある未来島エッグヘッドへ上陸。そこで自らをベガパンクと名乗る「正(シャカ)」、「悪(リリス)」、「想(エジソン)」、「知(ピタゴラス)」、「暴(アトラス)」、「欲(ヨ―ク)」に遭遇する。彼らはベガパンクの人格を6分割した分身だった。

エッグヘッドの科学力に驚く一行に、ベガパンクは、「同じく高い文明を持つ国が900年前に実在していたこと」、「失われた〝空白の100年〟についての仮説」を語る。それはオハラ壊滅のきっかけにもなった、禁じられた歴史だった。歴史を解き明かそうとするベガパンクを危険視した世界政府は、最強の諜報機関CP0に抹殺を指令。危機を察知したベガパンクは、エッグヘッドから連れ出してほしいとルフィに助けを求める。

そしてついにCP0のルッチ、カク、ステューシーが海軍の新兵器セラフィムと共にエッグヘッドへ上陸。エニエス・ロビー以来となるルフィVSルッチ、ゾロVSカクの激闘が繰り広げられる。さらに海軍大将ボルサリーノと海兵約3万人、そして五老星の一人であるサターン聖も襲来する。海軍が強固な包囲網を敷くなか、ベガパンクの本体失踪などの異常事態も重なり、エッグヘッドから脱出できなくなったルフィ達は、実は政府に加担していた裏切り者「欲」を人質に取り、立てこもり事件を起こすのだった。

一方、カマバッカ王国では、コブラ王暗殺犯と報じられていたサボが帰還していた。
聖地マリージョアで起きた「本当の事」が語られる。

時は1か月以上前。「世界会議(レヴェリー)」の最中、五老星との面会を願ったコブラは〝D〟の秘密に近づきすぎ、さらには五老星さえもへりくだる「イム」の姿を見たことで、粛清の対象となってしまう。

偶然その場に潜んでいたサボが救出を試みるも、死期を悟ったコブラは、ルフィとビビに向けたメッセージをサボに託す。
「我々も〝D〟である!!!」と…。

なんとかその場を脱出したサボだったが、その際に撮られた写真を利用され、暗殺の濡れ衣を着せられていたのだった。

エッグヘッド立てこもりから、海軍の包囲網を突破する作戦にうつるルフィ達。
各所で激闘が巻き起こる中、ボニーはサターン聖と相対していた。

エッグヘッドには、くまの能力で抽出された「くまの記憶」が保管されていた。
ボニーの病気を治すため、くまは自我を消し人間兵器になったこと。
ベガパンクはくまの味方だったこと。
自我を失うその日まで、くまはひっそりとボニーを見守り続けていたこと…。

記憶に触れ、すべての真実を見たボニー。己の敵は、くまに人間兵器となるよう命じ、母ジニーを薬物実験で死に至らしめたサターン聖と知り、立ち向かうが、未知なる力に圧倒されてしまう。
絶体絶命のボニーに毒爪が迫るその時、突然現れたくまが娘の窮地を救う！

くまとの再会を喜ぶボニー。しかしくまの登場をきっかけに、サターン聖がバスターコールを発動！　さらに、政府を裏切ったベガパンクが瀕死の重傷を負ったことをきっかけに突如‶世界配信〟が流れ始める。

その世界配信は、ベガパンクの心肺停止によって発信されるようプログラムされており、世界の「真実」を告げるものだという。

「研究の集大成として〝消えない炎(マザーフレイム)〟という動力を作った」
「その〝炎〟が盗まれてしまい、誰かが『古代兵器』を起動して、ある一国を消滅させた」
「空白の100年には巨大な戦争が起きていて、その時に使われた『古代兵器』によって、世界は海に沈んだ」
「これから〝ひとつなぎの大秘宝(ワンピース)〟を手に入れ『海賊王』になる者が、再びその〝力〟を手に入れる事になる」――。
ベガパンクの口から次々と告げられる驚きの真実は、世界中を震撼させる。

一方で、ベガパンクの配信を止めるため集結した五老星に脱出を阻まれていた麦わらの一味。途中、ルフィ達を助けに現れた巨兵海賊団の活躍でやっと海へと辿り着くも、なお五老星の猛追は止まらない。

追い詰められ、万事休すかと思われたその時、900年前に作られたという〝鉄の巨人〟エメトが、ルフィを守るために強力な覇王色の覇気を放出。その覇気は五老星達を一瞬にして退け、海軍を一掃したのだった。

エメトのおかげで無事にエッグヘッドを脱出したルフィ達は、次なる目的地エルバフへと向かう。