大監獄インペルダウン編

一度入ったら、二度と生きては戻れない。脱獄不能と名高い世界最大の大監獄、インペルダウンに兄・エースが収監されたと聞いたルフィは、〝王下七武海〟ハンコックの力を借り、単身インペルダウンに潜り込む。だがそこには、想像を絶する〝地獄〟が待ち受けていた…。

紅蓮、猛獣、飢餓、焦熱――階を下るほどに過酷さを増す障害。迫りくる恐るべき地獄の番人達。ルフィは道中、かつて麦わらの一味と戦ったバギーやMr.３、ボン・クレーらの協力を得て、困難を突破。エースが囚われている下層を目指す。
だが、LV４焦熱地獄にて、監獄最大の脅威、監獄署長マゼランが強襲。圧倒的な強さの〝ドクドクの実〟の能力を前に、ルフィは毒に侵され倒れてしまう。

全身を毒に蝕まれ、絶望的な状況にあったルフィをボン・クレーが救う。彼の助けでルフィはLV５の監獄から解放されるが、極寒地獄の中で満身創痍の二人は意識を失ってしまう。そんな二人の前に現れたのは、奇妙な恰好をした人物、イナズマだった。
大怪我を負ったルフィとボン・クレーは、幻のインペルダウンLV５.５番地、ニューカマーランに運ばれ、手当てを受ける。５.５番地は、看守さえその存在を知らぬ囚人達の楽園。未だ猛毒に侵されていたルフィは、ニューカマーランドの主、エンポリオ・イワンコフの能力で治療を受け、20時間にも及ぶ苦悶の末、九死に一生を得る。実はこのイワンコフ、〝革命軍〟の幹部で、ルフィの父ドラゴンの同胞でもあった。

収監されているエースを救出するため、イワンコフらと共に最下層のLV６へと向かうルフィ。だが時すでに遅く、ルフィが到着した時には、エースは処刑場のあるマリンフォードへ身柄を移す為、軍艦へと連行された後だった。だがルフィは諦めない。マリンフォードの〝海軍本部〟へ行く決意をしたルフィに、LV６に凶悪犯として収監されていたクロコダイルが語りかける。「ここを抜けたきゃおれを解放しろ」。不本意ながらもエース救出のため、ルフィ達はクロコダイルと、そして同じく収監されていた元七武海のジンベエを仲間に加え、インペルダウンからの脱出を図る。

ルフィに加え、元七武海が二人。そしてイワンコフ率いるニューカマーの戦士達。いまだかつてない強力チームは、看守や狂暴な獄卒獣でさえ止められない。ついにはマゼランすらもやり過ごし、脱獄に成功する。そして海軍の軍艦を奪ったルフィ達は、〝正義の門〟を開けるためにインペルダウンに残ったボン・クレーに涙の別れを告げ、マリンフォードに向かった。